知的財産契約・管理部は、全学組織である産学協創推進本部において、各学部・研究科等の産学連携組織と協力し、産学連携法務部産学連携法務課と一体となって、産学連携に関する各種契約や、本学の最先端の研究成果における知的財産権の適切な保護と社会への利活用を推進しています。
知的財産契約・管理部の主な業務は「契約業務」と「知財管理業務」に大別されます。「契約業務」では、部局の依頼を受けて共同研究や受託研究、秘密保持（NDA）など産学連携活動に伴う各種契約の審査や締結支援を行い、法的リスクの低減と研究者の権利保護を図っています。「知財管理業務」では、学内で創出された発明などの知的財産権の機関帰属の判定、知的財産権の維持管理、知的財産ポートフォリオの構築など、大学の資産としての知的財産を適切に保護・統括しています。さらに、産学連携や知的財産に関する学内規則類の整備も行っています。
知的財産契約・管理部と承認技術移転機関である株式会社東京大学TLOは、それぞれ「管理主体」と「運用主体」としての役割を分担しつつ、緊密に連携した一体的な運営を行っています。具体的には、知的財産契約・管理部が学内の知的財産制度・環境の整備や、上述のような、知的財産権の機関帰属の判定、および知的財産ポートフォリオ構築といった管理業務を統括しております。一方、東京大学TLOは研究者や企業等との実務的な窓口となり、特許の出願手続きや権利化の支援、産業界へのライセンス（技術移転）業務といった運用実務を担当しております。

TLOと一体化した運営

TLOの経験や実績を生かしつつ、知的財産契約・管理部は管理主体、TLOは運用主体の分担で一体となった運営を行います。

TLOの業務分担

承継判定に関する助言業務：

東京大学TLO（CASTI）に一本化します。

上記以外の知的財産の取扱い業務およびライセンス活動：

東京大学TLO、生産技術研究奨励会ほかが実施します。